Obszar Nadleśnictwa Dojlidy leży w dorzeczu Narwi, na wysoczyźnie wznoszącej się przeciętnie na wysokości 150 – 170 m n.p.m.  Lasy Nadleśnictwa położone są głównie na utworach polodowcowych. Teren charakteryzuje się rozległymi obszarami płaskimi o niewielkich różnicach wysokości, na których miejscami występują niewielkie wzniesienia, z reguły o łagodnych stokach. Obszar ten przechyla się stopniowo na południe i zachód w kierunku doliny rzeki Narwi. Północna część terenu nadleśnictwa (od wysokości miasta Białystok) charakteryzuje się bardzo urozmaiconą rzeźbą pochodzenia glacjalnego. W tym krajobrazie występują duże wzniesienia o zróżnicowanym pochodzeniu i morfologii, głównie wzgórza i tarasy kemowe, ozy oraz pagórki fluwioglacjalne.  Jedno z takich wzniesień, zwane „Góry Leńce" (193 m n.p.m.), stanowi najwyższy punkt nadleśnictwa.

Pod względem budowy geologicznej teren Nadleśnictwa Dojlidy jest również bardzo zróżnicowany. Jest to częściowo obszar akumulacji lodowcowej, moreny dennej i czołowej, a częściowo usypisk sandrowych. Znajdują się tu najczęściej piaski zwałowe i wodnolodowcowe na przemian z płatami glin zwałowych. W lokalnych zagłębieniach oraz w dolinach rzek zalegają torfy i fragmentarycznie piaski rzeczne.

Dominującymi typami siedliskowymi w Nadleśnictwie Dojlidy są bory mieszane świeże i lasy mieszane świeże. Z glebami żyznymi łączą się siedliska lasowe o bogatej szacie roślinnej. Siedliska borowe są uboższe i skład biocenozy jest tu skromniejszy. Na wszystkich siedliskach borowych dominują drzewostany z panującą sosną. Również na siedliskach lasowych świeżych zdecydowanie przeważają drzewostany sosnowe, ale udział mają tu też drzewostany z dębem, również z domieszką brzozy, osiki, lipy, świerku.

Teren nadleśnictwa odznacza się bogactwem flory wśród której wiele gatunków podlega ochronie całkowitej lub częściowej. Do gatunków najczęściej spotykanych należą: wawrzynek wilczełyko, widłak jałowcowaty, tajęża jednostronna, lilia złotogłów, widłak wroniec, gnidosz królewski. Istnieją tu również miejsca rozrodu i regularnego przebywania bielika, włochatki i orlika krzykliwego.